Thuần Tổ tên thật là Lý Công (李玜, 이공), tên tự là Công Bảo (公寶), hiệu Thuần Trai (純齋); sinh vào ngày 18 tháng 6 (tức ngày 29 tháng 7 dương lịch), vào năm 1790. Ông là con trai út của Triều Tiên Chính Tổ Lý Toán, mẹ là Tuy tần Phác thị. Người anh cả của ông là Văn Hiếu Thế tử vì mất sớm nên Chính Tổ đã chọn ông vào vị trí Vương thế tử để nối ngôi.

Năm 1800, ngày 28 tháng 6, Chính Tổ thăng hà. Vương thế tử lên ngôi ngay linh cữu, khi ấy vừa tròn 11 tuổi. Do còn trẻ, ông được Tằng tổ mẫu là Trinh Thuần Vương hậu Kim thị thay quyền nhiếp chính, tự xưng Đại vương đại phi (大王大妃). Trong thời gian bà nhiếp chính, đã xảy ra Tân Dậu tà ngục (辛酉邪獄) đàn áp tàn khốc rất nhiều người theo đạo Thiên Chúa giáo. Đến năm 1803, vào tháng 12, Đại vương đại phi quyết định quy chánh, trả quyền lực về cho Thuần Tổ. Khi ấy nhà vua đã đủ trưởng thành, có thể tự quyền cai trị.

Năm 1834, ngày 13 tháng 11 (tức ngày 13 tháng 12 dương lịch), nhà vua qua đời tại Khánh Hi cung (慶熙宮), Hội Tường điện (會祥殿), hưởng thọ 44 tuổi. Miếu hiệu ban đầu là Thuần Tông (純宗), thụy hiệu Tuyên Khác đại vương (宣恪大王). Ban đầu được an táng tại Nhân lăng (仁陵), gần với Trường lăng (长陵) của Triều Tiên Nhân Tổ. Nhưng do sau này Triều Tiên Triết Tông thấy lăng tẩm không hợp phong thủy nên đã rời sang gần Hiến lăng (献陵) của Triều Tiên Thái Tông.

Về sau, Triều Tiên Cao Tông truy phong ông là Thuần Tổ Túc Hoàng đế (純祖肅皇帝).